昌吉州人民医院建于1955年。建院52年来，在州党委、州人民政府以及各级卫生主管部门的正确领导和关怀支持下，经过几代人艰苦奋斗、励精图治，各项事业发展迅速，现已成为昌吉地区规模少有的一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复、急救为一体的综合性“二级甲等”医院及“全国爱婴医院”。近年来，医院年门诊量32万人次，年收治住院病人1.7万余人，为保障和增进昌吉州各族人民的健康和经济建设做出了积极贡献。
昌吉州人民医院占地面积85574平方米，现有业务用房面积43955平方米。实际开放床位582张，有在职职工803人，其中，卫生技术人员621人，占职工总数的77.33%。有高级职称79人，中级职称258人。 全院设有54个科室，其中临床、医技科室37个，党委系统及行政职能后勤科室17个。近年来医院增设了康复病区、体检科、肿瘤放疗科等特色专科。同时医院还是自治州急救中心、口腔病防治中心、放免检测中心、昌吉州紧急救援中心、昌吉州传染病院。
为了提高诊疗水平，近年来，医院抓住机遇，大胆决策，采取多种筹资形式，购置了德国西门子核磁共振、西门子彩色多普勒血流成像系统、双排螺旋CT、电子纤维结肠镜、多功能麻醉工作台、干式生化仪、彩超、空气加压多人医用氧舱、全自动生化分析仪、血液透析机、直线加速器、中C臂等大中型先进设备和较为齐全的常规诊疗设备，提高了医院的技术装备。目前，我院设备资产总值8100万元，医院固定资产总额达到2.01亿元，资产总额2.52亿元。
昌吉州人民医院始终支持“病人至上，质量第一”的宗旨，狠抓内涵建设和基础管理工作，大力推进科教兴院战略，注重人才培养和专业学科建设，从而为医院的长远发展提供了动力和后劲。做为新疆医科大学和石河子大学的“教学医院”，医院还承担着新疆医科大学、石河子大学医学院的实习带教和昌吉卫校临床课教学及实习带教任务，作为昌吉州医学教研的中心，医院还承担着昌吉地区八县市基层医院的对口支援工作。
近十年，昌吉州人民医院共获自治区科技成果奖4项，国家专利5项；开展院内新技术、新项目554项，荣获昌吉州科技进步一等奖1项，二等奖2项，三等奖7项，四等奖8项；出刊论文1182篇，其中，中华级刊物201篇，刊物413篇，省级刊物132篇；交流论文436篇，其中国际会议交流24篇，全国会议交流255篇，省级会议交流157篇。
昌吉州人民医院党政领导非常重视医院的信息化建设，自1999年起，医院累计投入资金1000多万元，现已建成主干千兆光纤、400余台计算机联网的医院信息管理系统。
系统覆盖了门诊病人管理、住院病人管理、检验信息管理、检查信息管理、药品管理、器械管理、经济管理等各个环节。信息化的建设和发展，大大提高了医院科学管理水平，医院信息全员共享，职工工作效率提高，病人就医环节简化、就诊时间缩短，各项收费准确透明，错收费现象基本杜绝，医疗成本明显降低，使医院效益得以显著提高。医院还建立了200余个终端的宽带e网，数字化图书馆，与上海复旦大学、福建医科大学建立了宽带远程教育和远程会诊系统。
昌吉州人民医院有一支较高素质的职工队伍和团结务实、真抓实干的领导班子，在两个文明建设中，坚持两手抓，两手硬，形成了团结、务实、奉献、进取的医院精神和内增凝聚力，外增向心力，合力发展事业的精神风貌，为医院事业发展提供了精神动力。
近十年，昌吉州人民医院先后荣获全国 “卫生系统先进集体”、自治区级“文明单位”自治区“职业道德建设十佳单位”自治区“十佳医院”、昌吉州“先进党组织”、昌吉州“行业作风建设先进单位”昌吉州“医疗保险服务诚信单位”、昌吉州“民族团结先进集体”昌吉州“三八红旗集体”和自治区、昌吉州“财务先进集体”等诸多荣誉。
昌吉州人民医院领导班子2001——2003年连续三年荣获昌吉州“好班子”光容称号。2006年底，在全区“医院管理年”工作检查中，我院取得了地州级综合医院第三名的好成绩。